STAR TREK: En curso, continúa siguiendo las aventuras de la tripulación del Enterprise en su nuevo y reiniciado Universo.

Tras los acontecimientos de STAR TREK: Into Darkness, la tensión entre la Federación y el Imperio Klingon es mayor que nunca. Debido a la misión del Enterprise en Qo'nos para capturar a Khan, los klingons están considerando una guerra total. Además, la relación con los romulanos y los Gorn también muestra cierta tensión, mientras que la tripulación del Enterprise se enfrenta también a un conflicto más personal cuando Spock se vuelve loco con Pon farr.

La historia también ofrece un vistazo a las vidas de algunos de los miembros de la tripulación de nuevo - llegamos a ver cómo Scotty terminó en la Flota Estelar, y cómo Sulu y Chekov se hicieron amigos.